可以利用这个差异在高浓度LiCl(0.8mol/L)中纯化大分子RNA。氯化钠(0.2molL)可用于DNA样品中存在SDS时。这种去污剂在70%乙醇中仍为可溶。
乙酸钠(0.3mol/L，pH5.2)在DNA和RNA的常规沉淀中最为常用。与通常认为的不同，低温可抑制DNA的沉淀生成，室温条件下发生沉淀的效率较大,而不是-20C或者-80C(ZeuginandHartley)。
最小反应时间取决于DNA的长度和浓度，长度越短、浓度越低的DNA分子沉淀需要进行更长的时间。针对小片段和低浓度的DNA分子，推荐4C过夜反应。为在延长的低温保存期中抑制形成盐沉淀物，最好使用乙酸铵(终浓度mmol/L)而不是乙酸钠用于平衡离子(ZeuginandHartley)。
在4C且没有载体存在的情况下，即使浓度低至20ng/mL的DNA也能形成沉淀，并可在微型离心管中通过离心定量地加以回收。
然而在沉淀低浓度的DNA为很小的片段(长度核苷酸)时，则需延长离心时间，使核酸沉淀更紧密地结合在离心管上。在没有载体存在的情况下，于000g离心20~30min可回收到皮克级的核酸。
在处理少量DNA时，一种谨慎的做法是留下每--步操作中含乙醇的上清液，直到把所有DNA回收回来。在用70%乙醇洗涤DNA沉淀时这种留样的做法尤为重要，因为在洗涤过程中往往使管壁上的DNA变松散。