众所周知，灭菌是医疗中至关重要的环节。但是，具体的灭菌过程却鲜为人知。虽然许多医疗器械是一次性产品，并不意味着无需严格的灭菌过程。
高压蒸汽灭菌（Autoclaves）
通过增大压强，提高沸点，用高温蒸汽杀死细菌和微生物。此时蒸汽高达-摄氏度–足以杀灭包括芽胞在内的所有微生物，适用于手术器械和其他可重复使用的医疗设备的灭菌。简单可靠，操作简便，灭菌效果优秀。
但对热敏性器械有损坏，反复的灭菌暴露会损坏精密外科器具，可能会因湿包而造成器械生锈。
高压蒸汽灭菌
环氧乙烷灭菌（ETO:ethyleneOxideGas）
具有穿透性强、灭菌温度低、利用烷基化原理而非氧化过程，对物品基本无损，通过破坏微生物DNA的方式达到灭菌，可杀灭所有微生物包括细菌芽胞，主要用于不能耐热或潮湿的精密仪器设备及一次性使用医械。有标准的化学、生物监测手段，从而可以有效地控制灭菌质量，及时发现灭菌失败的包裹。
但是，整个灭菌循环时间较长，其原因是需较长时间通风以去除环氧乙烷残留。环氧乙烷原料易燃易爆，储存和灭菌时绝对不能泄露。ETO浓度、温度、相对湿度、作用时间等因素都会影响灭菌效果。
环氧乙烷灭菌
辐照灭菌（GammaIrradiation)
商业上多利用钴-60产生的γ（伽马）射线和电子加速器产生的低于10MeV电子束来进行辐照灭菌。γ辐射具有很强的穿透力，可穿过塑料并诱导细胞产生自由基，破坏正常代谢，进而导致微生物的灭活，对工作环境无特殊要求，灭菌均匀彻底、速度快、可连续作业。适用于大规模灭菌。应用于许多医疗产品(如组织移植、药品、医疗器械)的低温灭菌法。
但是，灭菌成本相对较高，某些产品经辐射后可能会出现包装变色，操作人员需注意安全防护。
除上述灭菌方法，医疗器械的灭菌还涉及其他灭菌技术，如过氧乙酸灭菌、臭氧灭菌、过氧化氢等离子、过滤除菌法等。由于应用较少，未做详细归纳。灭菌方法种类繁多，应根据待处理器械的特点选择合适的灭菌方法。
辐照灭菌